c'est l'histoire d'un jeune de 19 ans(Kamina Ayato)qui habite a Tokyo(leur monde s'arrete à Tokyo il pense que le reste du monde a été détruit).un jour qu'il va en cour avec ses amis en prenant le métro des avions attaque la ville et la ils s'enfuit chercher de l'aide car une de ses amis est bléssé.il trouve une fille.il lui parle et continue son chemin.il arrive ensuite dans une èspece de temple où il trouve un oeuf blanc géant.(après je me souviens plus trop)l'oeuf se brise laissant apparaitre Rahxephon(une èspece de robot)Ayato sans vraiment le vouloir rentre dans Rahxephon et le pilote en s'échappant de Tokyo il voit sa mére qui as une légère entaille a la joue et voie que son sang est bleu.va s'ensuivre la découverte du vrai monde dans une base de défense planétaire...